2014年2月14日金曜日

EndNoteからMendeleyへ。

単純にインポートするだけなら、それほど面倒ではない。

EndNoteのxmlファイルをMendeleyのAdd Fileで読み込むだけ。

ところが…

EndNoteの使い方の一流儀として、EndNoteのRecord Numberを使って紙媒体を管理する、ってのがある。

最近は論文を読むのも管理するのもコンピュータ上だけですむから便利だけど、昔は紙のコピーを取ってきて、それをキャビネットに並べていたわけで。

そこで、大きく分けて2種類の管理方法が使われていた…と思う。

  1. 辞書順あるいは年号順など、自分なりの整理方法を考える。ボックスには「A」あるいは「1992」のように、それなりに探しやすい意味のあるラベルがつく。これは、コンピュータが必須というわけではない。増える文献の差し込まれる位置がまちまちなので、キャビネットの管理が結構大変になりがち。
  2. とにかく入手した順にキャビネットに追加していく。文献探しはEndNoteのRecord Numberに頼る。コピーにRecord Numberを書いておき、ボックスには「1~100」というように、それ自体には何の意味も無いラベルがつく。コンピュータの数字とコピーの数字がずれたり消えたりしたらもう大変。でもキャビネット自体の使い方としては楽。
それぞれに長所短所があるわけだが、2番を採用していた身としては、EndNoteからMendeleyに乗り換えることにしたら、問題にぶち当たった。

MendeleyにどうやってRecord Numberを引き継ぐの?

ググってみたら、これがやっぱり問題になっているらしいし、Mendeley側ではどうも対応していない模様。

さて、どうするか…

とりあえず、xmlファイルの中を見ると一応Record Numberも記載されてるんだけど、インポートした後のデータにはそれっぽいエントリがなくなってる。切り捨てられてるか。

となると、xmlファイルではない方法で読み込まないといけない。…BibTeXか。

EndNoteでBibTeX形式にエクスポートするとき、Mendeleyが読み込んでくれる項目にRecord Numberを入れればいいわけだ。

EndNote側のエクスポートスタイルを編集する。ま、問題なさそうなのは「Notes」あたりかな、と。

まず、メニューからEdit→Output Stylesで「BibTeX Export」を選ぶ。これをEdit→Output Styles→Edit "BibTeX Export"で編集のために開き、とりあえず適当な名前で保存(しなくてもいいけど)。スタイルエディタの左側にあるツリーペインのメニューからBibliography→Templatesを開く。ここで、BibTeXの各項目にEndNoteのどの項目を割り当ててエクスポートするかが指定できる。

では早速…一応全部のスタイルに一つずつやっておくけど、自分の文献リストがJournal Articleしかないなら、そこだけ変えれば十分かもしれない。

`note = `{Notes},

となっているところの「Notes」を選択し、「Insert Field」ボタンから「Record Number」を選ぶ。そして保存。

あとは、これを使ってBibTeX形式(カスタマイズ)のテキストファイルにエクスポート。

…それをMendeleyでインポートするだけで終わりかと思いきや。

Mendeleyが上手く読み込んでくれない。読み込めるのと失敗するのがある。どこが違うんだ…テキストエディタでBibTeXファイルを見てみると、各文献情報の1行目に数字があるのとないのがあって、あるヤツは数字の後ろにカンマがついてる。数字がないヤツはカンマもない。ちなみに、数字はCitation Keyというものらしいが、よくわからない。doiとかPMIDなんかが使われるようになる前からあったものなのかな?

これは…数字がなくてもカンマだけは必要なんじゃない?じゃないと、読み込み項目がずれちゃわない?

ということで、テキストエディタの置換機能を使って、数字がない行だけ最後にカンマを追加。そして再トライ。

はい、これでうまくMendeleyが読み込んでくれました。

しかも、Notesの欄にしっかりちまっとEndNoteのRecord Numberも入ってる。

これで一応はMendeleyから文献を探すときに番号を参照できるわけだ。

めでたしめでたし。

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